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Veterinary Focus

Numéro du magazine 31.3

Perturbation du microbiote intestinal chez le chien

Publié 29/06/2022

Ecrit par Jan Suchodolski

Aussi disponible en Deutsch , Italiano , Español et English

Il est de mieux en mieux admis qu’un microbiome intestinal dysfonctionnel peut entraîner de nombreux troubles gastro-intestinaux. Cet article traite du diagnostic et des options thérapeutiques pour les cas de dysbiose.

Lorsqu’ils ont à traiter un chien souffrant de diarrhée, de nombreux vétérinaires envoient systématiquement au laboratoire un échantillon fécal pour une culture et une analyse de sensibilité mais cela n’est pas utile pour évaluer le microbiome

Points clés

Le microbiome intestinal est un organe métabolique qui a un impact majeur sur la santé de l’hôte.


La dysbiose est un marqueur précoce d’un environnement intestinal anormal et traiter la maladie sous-jacente est indispensable pour que sa résolution soit durable.


En première intention, l’approche nutritionnelle doit être privilégiée pour prendre en charge la dysbiose associée aux entéropathies chroniques car elle est souvent cliniquement efficace et présente des effets secondaires minimes.


La transplantation de microbiote fécal (TMF) pourrait permettre de traiter la dysbiose mais son utilisation chez le chien est encore au stade des essais cliniques.


Introduction

Le microbiome intestinal est le nom donné au génome collectif de tous les micro-organismes (les bactéries, les virus, les champignons et les protozoaires) du tractus gastro-intestinal (GI), les bactéries étant le constituant le plus abondant. Le microbiome peut être considéré à la fois comme un composant du système immunitaire et comme une entité métabolique, car les bactéries produisent des métabolites qui affectent le GI mais aussi d’autres organes. La dysbiose est le nom donné aux changements pathologiques pouvant affecter le microbiome ; elle inclut la réduction de la diversité du microbiome (soit le nombre d’espèces bactériennes), l’évolution de la biomasse bactérienne et des changements fonctionnels (tels qu’une altération de la production de métabolites bactériens). La dysbiose est souvent secondaire à des maladies intestinales sous-jacentes et contribue aux signes cliniques chez certains patients 1 ; elle représente donc un marqueur supplémentaire des maladies intestinales et doit être évaluée en même temps que les antécédents généraux et le tableau clinique du patient. Le traitement de la dysbiose visera à traiter la maladie sous-jacente, et l’approche nutritionnelle constituera le traitement de première intention.

Fonction du microbiome

Les bactéries produisent des métabolites, soit directement (vitamines), soit en transformant des nutriments issus de l’alimentation (fibres, protéines, graisses) ou produits par l’hôte (acides biliaires). Le microbiote exerce donc de nombreux effets bénéfiques pour l’hôte. Parmi les métabolites importants, il y a les acides gras à chaîne courte (AGCC), les indoles et les acides biliaires (AB) secondaires. Ils exercent des effets variés, notamment anti-inflammatoire, régulateur de la motilité intestinale, inhibiteur de certains entéropathogènes, soutien fonctionnel de la barrière intestinale et stimulateur de la production de mucine 2. La dysbiose, qui est souvent secondaire à divers facteurs luminaux (Encadré 1), entraîne une altération du fonctionnement du microbiote qui contribue ensuite à l’apparition de signes cliniques 1. Les AB intestinaux présentent un intérêt particulier pour la régulation du microbiote. En bref, les AB primaires (acides cholique et chénodésoxycholique) sont libérés dans l’intestin grêle après un repas pour faciliter la digestion des graisses. Jusqu’à 95 % des AB sont réabsorbés dans l’iléon pour la circulation entéro-hépatique 3, le reste atteignant le côlon où ils sont convertis par des bactéries (principalement Clostridium hiranonis chez le chien et le chat) en AB secondaires 4. Cette conversion a des conséquences importantes pour la santé car les AB secondaires en quantité correcte ont des effets bénéfiques. Ils agissent comme des signaux agonistes pour divers récepteurs dans plusieurs organes, induisant des effets anti-inflammatoire et hypoglycémiant, ainsi que la suppression des entéropathogènes 5.

Encadré 1. Conditions et facteurs associés à la dysbiose intestinale.

  • Insuffisance pancréatique exocrine (IPE), augmentant les nutriments non digérés dans la lumière du gros intestin 
  • Entéropathies chroniques où l’inflammation intestinale favorise les conditions aérobies et les modifications du pH en surface de la muqueuse
  • Antibiotiques à large spectre (par exemple : tylosine, métronidazole) qui font baisser les niveaux normaux des bactéries intestinales anaérobies 
  • Médicaments antiacides, qui diminuent la sécrétion acide
  • Anomalies anatomiques
  • Troubles de la motilité

 

Évaluation du microbiome

Il existe plusieurs façons d’évaluer le microbiome du chien mais certaines sont plus efficaces que d’autres.

Culture bactérienne

Bien qu’elle soit encore utilisée par de nombreux vétérinaires pour diagnostiquer une dysbiose, la culture bactérienne des fèces ne permet pas d’évaluer le microbiome car la majorité des bactéries intestinales sont des anaérobies strictes qui nécessitent des milieux spéciaux (Figure 1).

Par conséquent, seul un petit pourcentage d’espèces bactériennes peut être cultivé par les laboratoires de diagnostic. Dans une étude récente, plusieurs prélèvements fécaux provenant de chiens sains et de chiens souffrant de diarrhée chronique ont été soumis à trois laboratoires vétérinaires de référence pour évaluer la dysbiose 6. Les résultats des cultures étaient discordants entre les laboratoires et la dysbiose était en fait plus fréquemment signalée chez les chiens sains. Cette étude démontre que la culture bactérienne ne devrait pas être utilisée pour évaluer le microbiote chez les chiens souffrant de diarrhée chronique, sauf pour des pathogènes spécifiques tels que Salmonella spp. 

Lorsqu’ils ont à traiter un chien souffrant de diarrhée, de nombreux vétérinaires envoient systématiquement au laboratoire un échantillon fécal pour une culture et une analyse de sensibilité mais cela n’est pas utile pour évaluer le microbiome

Figure 1. Lorsqu’ils ont à traiter un chien souffrant de diarrhée, de nombreux vétérinaires envoient systématiquement au laboratoire un échantillon fécal pour une culture et une analyse de sensibilité mais cela n’est pas utile pour évaluer le microbiome. La majorité des bactéries intestinales sont des anaérobies strictes, nécessitant des milieux de culture spéciaux, et le test ne fournira donc que des informations partielles (et parfois trompeuses).
Crédit : Shutterstock

Séquençage moléculaire des gènes de l’ARNr 16S

Les techniques moléculaires basées sur le séquençage des gènes de l’ARNr 16S fournissent des informations complètes sur la composition microbienne d’un échantillon fécal et sont utilisées en recherche. Diverses sociétés commerciales proposent le séquençage pour évaluer le microbiome d’un individu mais ces laboratoires n’utilisent pas de méthode standardisée (par exemple pour extraire l’ADN ou pour le choix de l’amorce PCR). Comme aucun intervalle de référence n’est défini pour les animaux et que chaque laboratoire utilise ses propres critères, l’interprétation des résultats est difficile. En outre, la variabilité inter-essais est courante et aucune donnée de validation analytique n’a été rapportée pour ces essais. L’évaluation du microbiome basée sur le séquençage n’est donc pas actuellement recommandée pour les patients individuels.

Indice de dysbiose du microbiote canin (ID)

L’indice de dysbiose (ID) est un test PCR quantitatif qui est actuellement commercialisé en Amérique du Nord et en Europe. Il est maintenant utilisé dans de nombreuses études cliniques 4,7 car il s’agit du seul test validé pour évaluer la dysbiose du microbiome canin *. L’ID mesure les niveaux de sept bactéries intestinales (Encadré 2) qui sont fréquemment altérées chez les chiens atteints d’entéropathies chroniques (EC) ou ayant reçu des antibiotiques à large spectre (par exemple, tylosine, métronidazole) 8,9. Le test fournit des intervalles de référence pour ces groupes bactériens et combine les données en une seule valeur qui exprime l’étendue de la dysbiose (Figure 2) : un ID entre 0 et 2 traduit une modification modérée du microbiote tandis qu’un ID > 2 indique une modification majeure. La sensibilité et la spécificité de la méthode sont présentées dans l’Encadré 3.

* https://tx.ag/DysbiosisGI

Encadré 2. Les sept groupes bactériens inclus dans l’indice de dysbiose canin : évolution de leur niveau lors de dysbiose.

Groupe bactérien Évolution lors de dysbiose
Faecalibacterium spp.
Turicibacter spp.
Blautia spp.
Fusobacterium spp.
C. hiranonis
Streptococcus spp.
E. coli

 

Encadré 3. Sensibilité et spécificité de l’indice de dysbiose (ID) lors d’entéropathie chronique ; un ID entre 0 et 2 traduit une modification mineure du microbiote alors qu’au-dessus de 2, le changement est majeur.

Indice de dysbiose Sensibilité IC (95 %) Spécificité IC (95 %)
-1 0,82 0,73-0,88 0,91 0,84-0,96
0 0,74 0,65-0,82 0,95 0,89-0,98
2 0,63
0,53-0,72
1 0,96-1,00

 

En évaluant la concentration de C. hiranonis, l’ID prédit également la capacité du microbiote intestinal à convertir les AB primaires en AB secondaires 4. Des quantités normales d’AB secondaires ont un effet antimicrobien et éliminent les entéropathogènes potentiels tels que C. difficile, C. perfringens et E. coli 10. De sorte que des niveaux réduits de C. hiranonis et une diminution de la conversion des AB sont fortement corrélés à une dysbiose intestinale et à une croissance excessive des entéropathogènes chez le chien (Figure 2) 4,7,8,11. L’identification de certains ou de tous ces entéropathogènes chez un chien souffrant de diarrhée suggère une prolifération excessive due à une dysbiose sous-jacente, secondaire à une EC plutôt qu’à une infection primaire. Jusqu’à 60 % des chiens atteints d’EC présentent des taux réduits de C. hiranonis et donc une baisse des AB secondaires 12.

Le graphique montre la différence d’indice de dysbiose (ID) dans une cohorte de chiens atteints d’EC comparés à des chiens normaux

Figure 2. Le graphique montre la différence d’indice de dysbiose (ID) dans une cohorte de chiens atteints d’EC comparés à des chiens normaux 7. Plus l’ID est élevé, plus le microbiome est anormal : un ID > 2 est très spécifique d’un microbiome anormal tandis que les valeurs entre 0 et 2 sont équivoques. Un ID élevé correspond généralement à une moindre diversité et à un plus grand nombre de taxons bactériens en dehors des intervalles de référence. Ici, différentes couleurs indiquent le nombre de taxons bactériens en dehors de l’intervalle de référence (noir 0, bleu 1, violet 2, orange 3, rouge > 3). Chez certains chiens, les taxons restent à l’intérieur de l’intervalle de référence mais l’ID est cependant augmenté, en raison de décalages anormaux à l’intérieur des intervalles de référence (points noirs) (gauche).

Les données des deux mêmes cohortes illustrent comment les niveaux de C. hiranonis ont un effet majeur sur le microbiome. Les résultats en rouge indiquent une diminution des niveaux de cette bactérie (et donc une réduction de la conversion intestinale des acides biliaires primaires en secondaires), ce qui entraîne une modification anormale du microbiome (droite). 

Le microbiome lors de maladies

Le Tableau 1 résume les différentes façons dont les bactéries intestinales peuvent contribuer à la maladie, même si les maladies sous-jacentes varient d’un patient à l’autre, en fonction de la localisation et de la gravité des lésions intestinales. Le microbiote est en contact avec la muqueuse intestinale, le système immunitaire et les substrats luminaux, et les modifications d’un ou plusieurs de ces éléments affectent la composition du microbiote. La dysbiose est donc souvent un marqueur précoce d’une anomalie de l’environnement intestinal dans la maladie (Figure 3). 

Tableau 1. Mécanismes par lesquels les bactéries contribuent aux troubles gastro-intestinaux.

Principaux types de dysbiose Conséquences possibles
Présence de substrats anormaux (par exemple : nutriments non digérés, médicaments) dans la lumière intestinale Augmentation des métabolites bactériens responsables de diarrhée
Perte de la fonction microbienne due à la diminution des bactéries commensales (par exemple : C. hiranonis)
Faible conversion des acides biliaires primaires en secondaires, entraînant une prolifération des entéropathogènes
Déficit de métabolites anti-inflammatoires 
Augmentation de la charge bactérienne totale dans l’intestin grêle
Augmentation des métabolites bactériens, provoquant une diarrhée
Stimulation de la réponse inflammatoire spontanée 
Augmentation des bactéries adhérentes à la muqueuse Stimulation de la réponse inflammatoire spontanée

 

Une dysbiose essentiellement limitée à la lumière intestinale est souvent présente chez les patients atteints d’insuffisance pancréatique exocrine (IPE) 13, après un traitement antibiotique à large spectre 8,9, ou chez les jeunes animaux en raison de leur immaturité immunitaire. Une EC s’accompagne d’une inflammation et d’une destruction du mucus et de la structure de la muqueuse, ce qui entraîne une oxygénation accrue de la surface de la muqueuse, une augmentation du nombre de bactéries aérobies (E. coli) et une diminution de la flore anaérobie normale. La perte de l’architecture muqueuse qui se développe avec l’EC produit un déficit de transporteurs pour les glucides, les acides aminés, les acides gras et les acides biliaires, ce qui entraîne une malabsorption de ces composés 14. Des quantités accrues de ces substrats dans la lumière du TD peuvent directement induire une diarrhée osmotique ou sécrétoire, ainsi qu’une prolifération bactérienne.

En raison de l’altération de la couche de mucus recouvrant l’épithélium, les chiens atteints d’EC présentent souvent un nombre accru de bactéries adhérant à la muqueuse 15. Ceci est lié à une présence faible de C. hiranonis et donc à une conversion anormale des AB, permettant une prolifération secondaire de C. difficile et C. perfringens, pouvant conduire à une augmentation des réponses pro-inflammatoires de l’hôte.

L’intestin sain et malade

Figure 3. L’intestin sain et malade. Un intestin sain (a) se caractérise par un microbiome équilibré, avec une couche de mucus séparant les bactéries luminales de l’épithélium, des cellules épithéliales formant une barrière étanche et un système immunitaire équilibré. Lors d’entéropathie chronique (b), divers changements peuvent se produire, pouvant tous potentiellement contribuer aux signes cliniques ; le traitement doit donc être multimodal. Ces changements comprennent : 

  • la dysbiose du microbiome ; 
  • une perte de mucus, permettant aux bactéries luminales de se fixer aux cellules épithéliales, stimulant les cytokines pro-inflammatoires ;
  • une rupture de la barrière épithéliale, entraînant la translocation d’antigènes alimentaires et bactériens, ce qui active également le système immunitaire ; 
  • la perte de transporteurs dans la bordure en brosse, entraînant une malabsorption des nutriments alimentaires, facilitant la prolifération bactérienne.
Jan S. Suchodolski

L’approche nutritionnelle est à privilégier en première intention pour prendre en charge les maladies intestinales car elle n’a pas d’impact négatif sur le microbiote intestinal.

Jan S. Suchodolski

Approche diagnostique de la dysbiose 

La dysbiose se développe généralement suite à une modification du milieu intestinal due à une maladie intestinale ou à des facteurs environnementaux altérés ; elle sera donc évaluée en même temps que l’historique thérapeutique du patient et le tableau clinique. L’interprétation du résultat de l’ID se fera parallèlement à celle des niveaux des différents taxons bactériens, en particulier de C. hiranonis, car une diminution de ce dernier contribue beaucoup à la dysbiose. Un ID supérieur à 2 indique une dysbiose avec une grande spécificité tandis qu’un résultat équivoque indique un changement mineur au sein du microbiome fécal. Certains chiens atteints d’EC peuvent avoir un ID < 0 mais certains taxons bactériens seront en dehors des intervalles de référence, ce qui représente une forme mineure de dysbiose. En général, un ID anormal suggère une maladie intestinale sous-jacente et une recherche d’EC est donc indiquée.

Notons que certains médicaments peuvent influencer l’ID. Par exemple, l’oméprazole peut entraîner une augmentation transitoire de C. hiranonis, en restant dans une fourchette normale, et l’ID se normalise une à deux semaines après la fin du traitement. Les antibiotiques à large spectre (tels que le métronidazole et la tylosine) peuvent induire une dysbiose fécale sévère (Figure 4) mais, là encore, le microbiote se normalise généralement dans les 2 à 4 semaines suivant la fin du traitement chez la plupart des chiens. Certains individus peuvent cependant présenter une dysbiose persistante avec absence de C. hiranonis pendant plusieurs mois 8,11.

Effet d’un changement alimentaire et du métronidazole sur le microbiome intestinal chez le chien sain

Figure 4. Effet d’un changement alimentaire et du métronidazole sur le microbiome intestinal chez le chien sain (d’après 8). Un régime à base de protéines hydrolysées (distribué entre les semaines 0 et 6) n’a que des effets mineurs sur le microbiote intestinal tandis que le métronidazole (administré aux semaines 7 et 8) induit une dysbiose significative ; chez certains chiens, la composition du microbiome reste anormale après l’arrêt du médicament (semaines 10 à 12). L’approche nutritionnelle est donc le traitement de première intention à privilégier en cas de maladie intestinale, car elle n’a pas d’impact négatif sur le microbiote intestinal, notamment par rapport au métronidazole.

Les modifications de la composition du microbiote de l’intestin grêle entraînent souvent des changements détectables dans le microbiome fécal évalué par l’ID. Cependant, chez certains patients, une augmentation du nombre de bactéries dans l’intestin grêle peut provoquer une maladie. Une dysbiose de l’intestin grêle n’est évocatrice que si la concentration sérique de folate est augmentée et si la cobalamine sérique est diminuée lors du bilan gastro-intestinal, bien que ces deux marqueurs aient une sensibilité et une spécificité faibles.

Traitement d’une dysbiose

La dysbiose n’est souvent qu’une composante de la maladie intestinale et une thérapie multimodale s’attaquant à la cause sous-jacente est généralement nécessaire. Dans certains cas, comme chez les animaux atteints d’EPI, une supplémentation en enzymes pancréatiques entraîne une amélioration des signes cliniques, et souvent le microbiome intestinal se normalise après plusieurs semaines 13. Chez les chiens atteints d’EC, il n’existe en revanche pas de marqueurs permettant de prédire quel est le meilleur traitement individuel ; des essais thérapeutiques successifs sont donc souvent nécessaires 16. Le traitement de la dysbiose s’appuie sur des modifications alimentaires, les pré- et probiotiques, les antimicrobiens et la transplantation de microbiote fécal (TMF), chaque approche s’attaquant à un mécanisme différent (Tableau 2). Une association de traitements offre souvent le meilleur résultat. 

Tableau 2. Options thérapeutiques lors de dysbiose.

Traitement Mécanisme probable  Effets secondaires potentiels 
Changement alimentaire
  • Une digestibilité élevée produit moins de substrat résiduel disponible pour la prolifération bactérienne
  • Un régime d’élimination (contenant des ingrédients nouveaux ou hydrolysés) élimine les antigènes alimentaires si la maladie sous-jacente est à médiation immunitaire 
  • Aucun (si aucune sensibilité alimentaire n’est présente)
Prébiotiques/fibres
  • Croissance des bactéries bénéfiques
  • Prébiotiques convertis en AGCC
  • Fixation des métabolites bactériens nocifs par les fibres 
  • Les fibres solubles/fermentescibles peuvent initialement favoriser les flatulences et la diarrhée 
Probiotiques
  • Peuvent améliorer la fonction barrière par immunomodulation 
  • Effets secondaires rares mais il est souvent difficile de savoir quelle souche conviendrait le mieux à un patient donné
Antibiotiques
  • Réduction de la charge bactérienne totale ou des bactéries adhérentes à la muqueuse 
  • Modifications à long terme du microbiote
  • Nouvelle prolifération bactérienne après l’arrêt du médicament
  • Risque de résistance aux antimicrobiens
Transplantation de microbiote fécal (TMF)
  • Modifie le microbiote luminal
  • L’efficacité dépend de la maladie sous-jacente mais les effets secondaires sont rares
  • Effets mineurs sur les bactéries adhérentes à la muqueuse
  • Récidive de la dysbiose lorsque l’inflammation persiste

 

Un changement de régime alimentaire devrait toujours être la première option thérapeutique chez les patients stables. Plusieurs études ont montré qu’entre 50 et 70 % des chiens atteints d’EC répondent à ce changement alimentaire 16. Ils seront pour la plupart orientés vers un aliment hautement digestible contenant des protéines nouvelles ou hydrolysées. La plupart de ces aliments sont hypoallergéniques et réduisent la quantité de nutriments non digérés dans la lumière intestinale, diminuant ainsi le potentiel de prolifération bactérienne. Dans la plupart des cas d’entéropathie liée à l’alimentation, le changement de régime suffit pour obtenir une rémission clinique ; il permet une réduction progressive de l’inflammation intestinale et de la dysbiose sur plusieurs mois 10,17

Les probiotiques peuvent être administrés seuls dans les cas bénins, ou conjointement au changement de régime alimentaire. Comme les bactéries administrées dans un probiotique sont numériquement faibles par rapport au microbiote intestinal existant, elles ont un impact direct mineur sur la composition du microbiote. Cependant, elles se fixent à la muqueuse et peuvent exercer des effets bénéfiques, notamment en raccourcissant la durée d’une diarrhée aiguë et en réduisant les effets digestifs secondaires associés aux antibiotiques, tels que les vomissements ou la diarrhée 18. Il a été démontré que plusieurs souches de probiotiques très puissants réduisaient la présence de C. perfringens chez les chiens souffrant de diarrhée hémorragique aiguë 19 et renforçaient la barrière intestinale chez les chiens atteints d’EC 20. Cependant, comme de nombreux produits commerciaux ne font pas l’objet d’un contrôle qualité approprié, il est important de choisir un produit dont l’efficacité a été démontrée dans une étude clinique publiée. 

Les prébiotiques sont des glucides non digestibles qui favorisent la croissance des micro-organismes bénéfiques ; ils peuvent être classés comme des fibres solubles/insolubles et fermentescibles/non fermentescibles. Les prébiotiques fermentescibles sont transformés en AGCC par les bactéries du côlon. La plupart des aliments commerciaux à visée digestive contiennent des prébiotiques mais, pour certaines maladies (la colite par exemple), les régimes riches en fibres peuvent être bénéfiques. L’ajout de téguments de psyllium à l’alimentation, une source de fibres solubles, peut améliorer la qualité des selles chez les chiens atteints de maladies du gros intestin, à raison de 0,5 à 1 g/kg de poids corporel par jour. Une dose plus faible sera d’abord administrée, puis sera progressivement augmentée pour obtenir la consistance fécale souhaitée.

Les antibiotiques tels que la tylosine ou le métronidazole ont été traditionnellement recommandés pour traiter une EC mais leur utilisation en première intention est désormais débattue 16. Bien qu’ils puissent entraîner une amélioration des signes cliniques, vraisemblablement en raison d’une réduction de la charge bactérienne, les patients rechutent souvent après le traitement car la prolifération bactérienne se reproduit, les antibiotiques résolvant rarement le processus pathologique sous-jacent 15,21,22. Les traitements couramment utilisés comprennent le métronidazole (10-15 mg/kg q12h) et la tylosine (25 mg/kg q12h) pendant 4 à 6 semaines mais, comme indiqué ci-dessus, il a été démontré que ces deux médicaments induisent une dysbiose du gros intestin pouvant parfois durer des mois 8,9,11. Des études rapportent que le métronidazole a entraîné une dysbiose durable chez des chiens atteints de diarrhée aiguë 11, tandis que l’amoxicilline-acide clavulanique peut favoriser l’augmentation des E. coli résistants 23. Les antibiotiques ne sont généralement pas recommandés pour traiter une EC en première intention pour diverses raisons : seuls 10 à 16 % des chiens atteints d’EC répondent aux antibiotiques, la plupart des cas rechutent après l’arrêt du traitement et les médicaments ont des effets négatifs sur le microbiome. L’antibiothérapie doit cependant être envisagée après l’échec des traitements diététiques et anti-inflammatoires, ou pour les patients présentant des signes d’inflammation systémique 16 ou d’une infection bactérienne persistante de la muqueuse intestinale (par exemple, colite granulomateuse associée à E. coli). Un petit nombre de chiens atteints d’EC peut ne répondre à aucun autre traitement, auquel cas une administration à long terme deviendra nécessaire, en diminuant progressivement les doses jusqu’à trouver la dose efficace la plus basse.

La transplantation de microbiote fécal (TMF) peut aider à restaurer le microbiote normal et à améliorer les signes cliniques 11 dans certains cas de dysbiose. Cette technique consiste à transférer des selles d’un donneur sain dans l’intestin d’un receveur par le biais de capsules orales, d’une endoscopie ou d’un lavement (Figures 5 et 6). Chez l’Homme, le taux de réussite de la TMF est élevé (> 90 %) en cas d’infection récurrente à C. difficile mais son succès est plus limité pour les maladies inflammatoires de l’intestin, en raison de l’inflammation intestinale chronique sous-jacente.

Préparation d’un échantillon pour la transplantation de microbiote fécal

Figure 5. Préparation d’un échantillon pour la transplantation de microbiote fécal ; les fèces d’un chien donneur sont mélangées à une solution saline. 
Crédit : Ewan McNeill

La TMF est réalisée en administrant la solution de matières fécales au chien receveur sous forme de lavement, à l’aide d’un cathéter et d’une seringue

Figure 6. La TMF est réalisée en administrant la solution de matières fécales au chien receveur sous forme de lavement, à l’aide d’un cathéter et d’une seringue.
Crédit : Ewan McNeill

La TMF est encore une thérapie émergente chez l’animal. Un protocole simple est présenté dans l’Encadré 4 mais, à ce jour, seules quelques séries de cas ont été rapportées, et le succès dépend apparemment de la maladie sous-jacente 24. La technique permet de restaurer le métabolisme des AB en favorisant le développement de C. hiranonis (Figure 7) ; elle peut donc être utile chez les chiens présentant une conversion anormale des BA, associée à une prolifération d’entéropathogènes tels que C. difficile ou C. perfringens, ou chez les animaux présentant une dysbiose induite par les antibiotiques et des lésions sous-jacentes mineures de la muqueuse intestinale. Il a également été montré que la TMF améliore le score fécal en cas de diarrhée aiguë, lorsqu’elle accompagne un traitement antimicrobien standard chez les chiots atteints de parvovirose et chez les jeunes chiens souffrant de diarrhée chronique due à une infection confirmée à C. difficile 25.

Encadré 4. Protocole de TMF par lavement (d’après 24).

Le donneur doit être en bonne santé, sans antécédents de maladie gastro-intestinale ni traitement antibiotique récent, et ne doit présenter aucun signe de maladie systémique. Les selles du donneur feront l’objet d’une recherche de parasites et d’entéropathogènes, et un ID sera réalisé (car certains chiens cliniquement sains manquent de C. hiranonis, nécessaire à la conversion correcte des AB).

Conservation : les selles peuvent être fraîches ou conservées à 4° C jusqu’à une semaine dans un sac en plastique. Si les selles doivent être congelées pour un stockage plus long, elles seront mélangées avec du glycérol avant la congélation, pour préserver les bactéries (10 g de selles avec 35 mL de solution saline et 5 mL de glycérol, congelées en aliquots de 50 mL). 
Matériel nécessaire : soluté à 0,9 % de NaCl, cathéter en caoutchouc rouge 12 ou 14 FG, seringues de 60 mL à embout pour cathéter, mixeur, selles du donneur, lubrifiant non bactériostatique.
  1. Calculer la quantité de selles nécessaire : environ 5 g/kg de poids corporel.
  2. Verser environ 60 mL du soluté à 0,9 % de NaCl dans le mixeur, puis ajouter les selles fraîches ou congelées, puis mixer à vitesse élevée jusqu’à ce que les selles soient liquéfiées et qu’aucun gros morceau ne soit visible. Pour les chiens de très grande taille, un volume plus important de solution saline peut être nécessaire pour obtenir des selles suffisamment liquéfiées. 
  3. Aspirer le mélange dans la seringue et fixer le cathéter en caoutchouc. Appuyer sur le piston de la seringue jusqu’à ce que des matières fécales apparaissent à l’extrémité du cathéter ; ceci permet d’éviter que de l’air ne soit introduit dans le côlon du receveur.
  4. Introduire complètement le cathéter dans le côlon, puis administrer le lavement. Le chien receveur n’a pas besoin d’être sédaté.
  5. Après la transplantation, le chien receveur restera si possible à jeun pendant 4 à 6 heures, et son activité sera limitée afin de réduire les risques de défécation trop précoce. 

Chez les chiens atteints d’EC, la dysbiose est souvent un effet secondaire de l’inflammation intestinale et des dommages structurels ; la dysbiose et les signes cliniques réapparaîtront tant que la maladie sous-jacente ne sera pas éradiquée. Le taux de réussite de la TMF lors d’EC est donc très variable : des rapports anecdotiques suggèrent que, chez de nombreux chiens atteints d’EC, le score fécal sera amélioré dans les 2 à 3 jours suivant le traitement mais la rechute et le développement d’une diarrhée récurrente survient quelques semaines plus tard. Par conséquent, chez ces patients, un traitement diététique et anti-inflammatoire approprié de la maladie sous-jacente est nécessaire (voir ci-dessus) ; la TMF peut être considérée comme un traitement d’appoint pour les patients qui présentent une réponse sous-optimale (par exemple, des selles molles persistantes) malgré les thérapies standards.

Effet de la transplantation de microbiote fécal (TMF) sur le microbiome intestinal

Figure 7. Effet de la transplantation de microbiote fécal (TMF) sur le microbiome intestinal ; ces deux graphiques montrent l’indice de dysbiose (a) et les niveaux de C. hiranonis (b) chez un chien atteint d’EC qui ne répondait pas aux autres traitements standards. Après la TMF, l’indice de dysbiose et la population de C. hiranonis (la bactérie responsable de la conversion des acides biliaires) se sont normalisés, et la qualité des selles s’est améliorée en 2 jours. Environ 45 jours après la TMF, la qualité des selles s’est à nouveau détériorée et l’ID a augmenté, de sorte qu’une seconde TMF a été réalisée, ce qui a permis d’améliorer la qualité des selles une fois de plus. Comme les lésions structurelles sous-jacentes persistent chez de nombreux chiens atteints d’EC, la dysbiose récidive souvent et nécessite de répéter la procédure.

Conclusion

TLe microbiome intestinal joue un rôle crucial dans la santé de l’hôte, et de nombreux animaux atteints d’une affection gastro-intestinale développent une dysbiose ; la fonction microbienne anormale peut alors contribuer aux signes cliniques. L’indice de dysbiose est un outil diagnostique utile dans de nombreux cas mais, comme il peut y avoir diverses causes sous-jacentes, une approche thérapeutique multimodale et souvent à long terme est nécessaire pour améliorer la composition du microbiote.

 

Précision 

L’auteur travaille pour le Texas A&M Gastrointestinal Laboratory qui propose d’analyser le microbiome sur un plan commercial.

Références

  1. Ziese AL, Suchodolski JS. Impact of changes in gastrointestinal microbiota in canine and feline digestive diseases. Vet. Clin. North. Am. Small. Anim. Pract. 2021;51(1):155-169.

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Jan Suchodolski

Jan Suchodolski

Le Dr Jan Suchodolski est professeur associé en médecine des petits animaux, directeur associé de la recherche et responsable des sciences du microbiome au laboratoire gastro-intestinal de l'université Texas A&M. En savoir plus

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